82.真新镇，新的开始（小智的比比鸟进化成比雕，本集结束后离队）
83.飞行船是不幸船
84.南国神奇宝贝与gs球（小刚离队）
85.拯救乘龙（小建加入，小智得到乘龙）
86.橘子联盟?夏干道馆（小智得到樱花徽章）
87.消失的神奇宝贝之谜
88.水晶大岩蛇
89.粉红神奇宝贝之岛
90.化石盔化石的秘密
91.跳吧！神奇宝贝豪华油轮
92.再见可达鸭，又来哥达鸭
93.航海的乔伊，破浪前进吧
94.奈普鲁道馆，雪山之战（小智得到白浪徽章）
95.大胃王卡比兽，大恐慌（小智收服卡比兽）
96.幽灵船跟幽灵神奇宝贝
97.喵喵之岛
98.飞天螳螂，战士的尊严（小建收服飞天螳螂）
99.南方之岛，全员大集合
100.四天王科拿，冰之战斗
101.尼多朗的恋爱故事
102.大平原的小磁怪
103.地下道的怪物
104.柚子道馆类型格斗三比三（小智的杰尼龟学会水炮，小智得到轮宝徽章）
105.皮卡丘对抗喵喵
106.喷火龙，就决定是你了！
107.灭火大战，杰尼龟对抗卡咪龟
108.燃烧吧！卡比兽！
109.接棒决斗！最后的道馆！（小智得到琉璃徽章）
110.鲤鱼王进化的秘密
111.蚊香蝌蚪和小霞（小霞得到蚊香蝌蚪）
112.胜利者杯，全员大对决
113.最后战斗，快龙登场（小智得到橘子联盟胜利者杯）
114.再见了乘龙（小智的乘龙离队）
115.顽皮蛋大爆炸
116.真新镇，我回来了（小刚加入，小建离队）
117.宿敌对决，小智对抗小茂
本章结束