此后朱元璋到黄觉寺出家当了和尚，每日带上木鱼、瓦钵，到处游方化缘，终于找机会投奔义军，并以战功连续升迁，逐渐形成了自己的势力，他听闻刘基刘伯温，有文经武纬之才，就想请其出山，共谋大业，为了表示诚意，不惜以部分"兵家秘诀"相授。
刘伯温深感其德，从此充为军师，追随左右，屡次献出奇谋良策，使义军取襄阳，收滁州，平芜湖，克太平，以摧枯拉朽之势，横扫长江两岸，诛灭张士诚、陈友谅，然后挥师北上，直取大都，将元顺帝逐回漠北，终于建立了不世之功。
朱元璋出身草莽，空以徒手夺取天下，从一介放牛童当上了开国的太祖皇帝，自然对那些用兵如神精通谋略的开国元勋深为忌惮，唯恐朝中有人起兵造反，所以刘伯温虽以大功，止封伯爵。但最使朱元璋感到不安的，还是当年救他的那位恩公，他十分后悔当初行凶时做贼心虚，手底下有些软，致使留下了隐患。
朱元璋担心竹简兵书落入别人手中，早已将竹简付之一炬，可一想到世间还有某个人掌握着"兵家秘诀"，便寝食难安。但他并不知道施耐庵的身份姓名，时隔多年，也无法再按当年的形貌缉拿此人，于是暗中颁下密旨，命各地严加搜捕"兵家秘诀"的传人。
却说施耐庵浪迹天涯，多年隐居不出，因感时政衰败，作《江湖豪客传》寄托心意。不料此书被洪武皇帝看到，惹得龙颜大怒，认定是宣讲谋逆做乱之道，就勒令地方官员，将施耐庵问罪下狱。
施耐庵的门生罗贯中，早年间有志图王，也曾投奔张士诚及刘福通参加起义军，但未遇明主，都没能得到重用，只得遁隐江南，以撰写戏曲平话为生。在施耐庵下狱后，罗贯中求到刘伯温府上，望他念在旧日相识的份儿上设法相救。刘伯温当即上书请命，又劝施耐庵在狱中将《江湖豪客传》改为《忠义水浒传》，在八十回本之后另加四十回，专讲以宋江为的草莽豪杰受了招安，报效朝廷，为国尽忠，才使得施耐庵免于一死。
施耐庵此时已经知道了朱元璋的身份，料想那洪武皇帝为人阴狠，又惯于猜忌，不愿像唐太宗一般与功臣同始同终，就算那些开过元勋们想要急流勇退，恐怕也难得善终，今后朝廷中必然还有一场血腥浩劫，但大局已定，他身为一介草民，终无回天之力，只把"兵家秘诀"转授给罗贯中，嘱咐他妥善收藏，万误失落，时移则事易，事易则备变，随后郁郁而终。
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