周延儒当上辅大臣后，阮大铖找到周，送给他很多银子，希望自己能出仕。周对阮说，我是被东林推荐出来的，你的名字在逆党名单里，不好办啊。阮大铖说，那让马士英出来做官吧。周同意帮忙。崇祯15年六月，经周延儒相助，马士英出来当上了兵部右侍郎兼右佥都御史，总督庐、凤等处军务。因此事，马一生都感激阮。马士英在征剿流寇方面颇有韬略，也立了些功劳。
崇祯17年（1644年），李自成攻陷北京，崇祯帝吊死。南京的大臣们准备立新君。这时福王朱由崧，潞王朱常淓都逃难到了淮安。按照嫡庶远近支该立福王，但东林党人因为当初三大案和老福王有过节的原因，坚决拥立潞王。并说福王有七不可立。而马士英等坚决立福王。并游说江北四镇支持。在四镇的强力支持下，马士英将福王迎到南京。朱由崧在南京即位，年号弘光。但内阁辅是史可法，马士英心中不满。命江北四镇要求史可法督师淮、扬。而马自己留在朝内辅政。接着，马士英为了报答阮大铖，推荐阮出来做官，遭到大臣们的强烈反对。福王最后启用阮后，东林党的大臣们纷纷辞职或是告老还乡。弘光朝的朝政就掌握在马士英手里了。这时又接连生了南明的三大案，大悲，童妃，太子案。特别是太子案，使湖北的左良玉有了借口，起兵清君侧，顺江而下。马士英不得不将江北的军队调来抵御左军。虽然制止了左军东进，但清军南下扬州失守，史可法殉国。随后，清军渡过长江，福王投奔黄得功，马士英也逃出南京，沿途州县知道他是马士英，都闭门不纳。后奔杭州投奔潞王，不久清军到杭州，潞王投降。马士英又逃离杭州。此时马士英开始后悔举荐阮大铖了，因为阮，自己背了个骂名。马士英又想投奔鲁，唐二王，都被拒绝。后被清军擒杀。
将马士英列为奸臣，我觉得不尽然，充其量他只算是个不走运的权臣。他立福王是出于私心，东林他们想立潞王不也是打自己的算盘吗？而且结果表明，哪个王当皇帝的结果大致是一样的。东林的那些人也不是好东西，拉帮结派，对不是东林党的大臣，都视为奸党。弘光朝延续了明朝的党争，东林在里面的角色也不光彩。而且最后，东林的不少人降了清，马士英却始终以明臣自居，投奔潞，鲁，唐王，直到被杀也没有降清。马最大的错误就是推举阮出仕，至于说与清议和，这不单是他一个人意思，南明好多人都是这么想的。当时朝廷的主流是“借师助剿”，甚至于吴三桂引清兵入关的时候，还商量着要给他表彰呢。
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