东汉时期三公一般是指太尉、司徒、司空。其中太尉管军事，司徒管民政，司空管监察。
但在恒灵时期实际上大将军的官职还在三公之上，因为窦宪出任大将军时权势太大，朝廷震动，联合奏请以大将军位列三公之上，并且一直到曹操迁都许昌之后都是如此。
曹魏时期又将太师、太傅、太保特称三师，太傅、大司马、大将军为上公，位在三公之上。其中大司马和大将军掌实权，太傅和三公一般为虚职。
九卿是指太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府。
太常、光禄勋、卫尉三卿并太尉所部；太仆、廷尉、大鸿胪三卿并司徒所部；宗正、大司农、少府三卿并司空所部。
在地方官职最重要的是州刺史或者说州牧。
如果对三国时代有所了解的话，刺史这个官职一般而言都会认为是一个地方官，州牧则类似于一个权力更大的刺史。
但实际上刺史这个职务最初并不是地方官职而是监察官职，元封五年（前106）汉武帝废诸郡监察御史后，始派刺史巡行郡县，分全国为十三部（州），各部置刺史一人，后通称刺史。这里的“刺”是检核问事之意。
西汉中后期刺史职务权力有进一步扩大，但严格来算还是监察为主。
王莽称帝之后，他将天下十三州划为九州，州刺史改称州牧，甚至还赋予了州牧爵位。后来为了镇压反对他的武装暴动，王莽进一步将权力下放给州牧，那些州牧甚至得到了将军的称号，控制了一州的军事政治大权，而监察之权改为由牧副监行使。
东汉时期刺史与州牧之事则多有反复，绥和元年（前8年），汉成帝罢部刺史，置州牧，哀帝一度复旧制，不久又为州牧。
建武十八年（42）朝廷依照旧制再次改州牧为刺史，但只设了十二人，除了司隶之外其他州各一人，同时变西汉刺史无固定治所为各有驻地。
在三国时期，刺史和州牧虽然同样都是一州的最高长官，但这两个官职的侧重点完全不同，刺史仍然是侧重于监察之权，但州牧已经实际上是一州的最高军事政治长官。所以在酸枣会盟时，明明刘岱的官职是最高的刺史，但其他诸侯就可以就不听他的，这也是后来曹操、刘备、孙权这些人在申请做地方长官时都是自称为某某州牧，而不是某某州刺史的原因。
有时候，刺史和州牧可以相互替代，甚至可以被视为同义词，但两者不可以同时并存。
三国时期那些州刺史和州牧一般都是大诸侯，向兖州牧曹操、冀州牧袁绍以及荆州牧刘表等人。
州牧、州刺史之下一般是郡守（太守）、国相，这也是一般那些小诸侯的官职，东汉的第一级行政单位是州，第二级是郡或者国，其中国中有诸侯王，而郡中无，郡守和国相地位一致，像曹操当过东郡太守，袁绍干过北海太守，刘备做过平原相。
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