在董卓刚刚赶到玉门关的时候，这座曾经残破不堪的关城已经被克隆人农夫修葺一新，全部由石条垒砌而成的城墙高达六丈，城墙顶部宽度也达到了五丈，比之前玉门关关城夯土的城墙不知道雄伟坚固了多少倍，而城墙上每隔一百米就树立起的一座箭塔更是将整座关城变成了一座纯粹的军事要塞。由于玉门关的关城将作为收复西域的后勤中心，因此新的关城规模比以前大了很多，周长达到了两千米，关城内可以驻扎数万军队。但是从玉门关再往西，昔rì大汉王朝所修建的长城塞垣已经被风雨侵蚀而发生崩塌，很多地方甚至已经被漫漫的黄沙掩埋，只剩下隐约可见的遗址绵延向西，述说着大汉昔rì的荣光。
很长时间以来，人们一直以为玉门关是汉朝长城的最西段，事实上，在玉门关的北面，还有一段长城绵延向西，一直延伸到西域境内的伊吾城，也就是今天xīn jiāng自治区哈密市的西部。在这一段长城上设有多名侯官，每位侯官管辖大约三十公里长的一段塞垣，侯官驻扎的地方建有军堡。和大汉建设的其他长城的目的相似，这地段长城的主要目的也是防备北面的游牧民族入侵，但是在窦宪彻底击败匈奴之后，这一段长城的主要目的就变成了守护西域的东部门户，保护往来于西域和中原之间的商队。不过在汉朝势力撤出西域之后，这一段长城也被废弃了，长城沿线的军堡也早就没了大汉的军人驻扎。
董卓赶到玉门关之后，命令克隆人农夫沿着之前原来汉长城的遗址重新修建了长城，不过由于时间有限，直到董卓出兵时，这段长城只修建了将近六十公里，并且重新修建了曾经的广汉侯官和美稷侯官驻扎的军堡。不过这些城墙和军堡并不是基地的标准建筑，防御xìng上比之基地标准的城墙和军堡自然是大大不如。
在整顿军队，准备作战物资以及等待白虎师七旅军队前来玉门关的一段时间里，董卓已经对收复西域的战斗制定出了大致的计划。根据董卓的计划，护教郡将首先沿着天山一线逐渐西进，直到重新占领大汉曾经西域都护府所在的它乾城为止。由于它乾城处在整个西域的中心位置，然后就可以以它乾城为基地，向西进攻疏勒、大宛等国，向南进攻莎车、于阗、鄯善登国，向北则可以进攻乌孙国。整个计划最困难的过程就是从玉门关到它乾城的这一段路程，一路上分布着大大小小数十个国家，它们有的曾经对大汉帝国十分友好，有的对大汉帝国十分仇视，有的是曾经的西域都护扶植起来的国家，有的和大汉帝国有着血海深仇，情况十分复杂。
护教军离开玉门关之后，首先将直奔西北方向的伊吾城，这里曾经是敦煌郡治下四都尉之一的宜禾都尉府的所在地。敦煌郡治下本来有四大都尉，玉门都尉、中部都尉、宜禾都尉以及阳关都尉，其中阳关都尉管辖敦煌郡境内最南端的一段长城塞垣，玉门都尉和中部都尉管辖敦煌郡境内北段的长城塞垣，而宜禾都尉则管辖西域境内从凉州边境到伊吾城之间的这一段长城塞垣。在大汉的势力撤出西域之后，敦煌郡的地位也逐渐下降，不仅宜禾都尉已经废弃不设，连其他三位都尉也几乎已经成了光杆司令，手下已经没几个兵了。
根据董卓在玉门关得到的情报，伊吾城如今被蒲类国占领，并且被蒲类国作为了自己的都城。蒲类国原本是汉帝国击败姑师国之后所分的八国之一的蒲类前国，有三百二十五户，二千三十二口，胜兵七百九十九人，是一个不折不扣的弹丸小国。但是在汉帝国的势力撤出西域之后，蒲类前国出兵吞并了附近的比它更加弱小的蒲类后国和移支国，国力膨胀了近一倍，如今有拥有八百多户，五千余口，胜兵近两千人，将国名改为了蒲类国，并且占据了大汉宜禾都尉府的所在地伊吾城作为自己的国都。事实上，伊吾城只是一座长宽均不足两百米的小城，城墙也是夯土所铸，但是在西域，这已经是数得着的大城了。
董卓率领前来收复西域的三个师分别是牛辅的前师，樊稠的右师和华雄的中师。牛辅、樊稠和华雄三人全都是从董卓发迹开始就跟随董卓南征北战的老将，在董卓担任西域戊己校尉的时候也曾跟随董卓一起来到西域，对西域的情况也算比较了解。而董卓对汉人护教军留在凉州的两个师的安排也很有深意，左师师长段煨是段颎的弟弟，而段颎在凉州威望十分崇高，段煨继承了自己兄长的威望，至少在武威郡一带颇具人望，所以董卓把左师部署在汉阳郡、武都郡以及安定郡三郡与司隶校尉部右扶风相接壤的地区，用来防备关中一带的汉军，而且左师的副师长胡轸和各旅旅长都是董卓亲信，段煨即使有什么不安分的想法也很难施行。而后师师长张猛、副师长黄华、各旅旅长甚至全师的士兵大多来自凉州西部四郡，所以董卓把后师安排在了凉州最东端的安定郡，用来防备北地郡的皇甫嵩，使他们脱离了自己的势力范围。
在玉门关的关城里，董卓留下了右师后旅驻扎在城内。由于整个西域已经被智脑认定为敌对势力，在整个西域都被征服之前，基地将无法探测西域的情况，并且无法在西域的范围内修建基地建筑。所以基地提供的粮草辎重物资等最远只能在玉门关的关城里取出，再通过辎重车运送到前线，所以玉门关的地位就显得尤为重要，而右师后旅的旅长王方也是董卓的心腹，长期跟随董卓作战，董卓对他还是十分放心的。
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