清实录记载，顺治三年六月二十日，浙闽总督张存任疏报：副将张国勋等进剿太湖逆贼，擒获伪大学士马士英、长兴伯吴日生、主事倪曼青。捷闻，令斩士英，其有功将士，所司察叙”。蒋良骐《东华录》卷五，“（顺治三年）六月，浙闽总督张存仁疏报：副将张国勋进剿太湖逆贼，长兴伯吴日生、主事倪曼青俱被获，伪大学士马士英潜遁新昌县山内，都统汉岱追至台州，马士英属下总兵叶承恩等降，并报称马士英批剃为僧，即至寺拘获，并总兵赵体元，令斩之”。 马士英在唐、鲁两政权中几乎成了过街老鼠，他并没有因此就转投清方，而是尽力以抗清的实际行动改变自己过去的不佳形象。清方档案证明，马士英曾经多次参加渡钱塘江攻余杭、富阳以及会攻杭州之役。
而在《明史》马士英传中这样写： “士英与长兴伯吴日生俱擒获，诏俱斩之。事具国史而野乘载士英遁至台州山寺为僧，为我兵搜获，大铖、国安父子先后降。寻唐王走顺昌。我大兵至，搜龙扛，得士英、大铖、国安父子请王出关为内应疏，遂骈斩士英、国安于延平城下。”
马銮，马士英长子。《黔诗纪略后编》补编采录马銮诗二十首，并传证曰：“銮字伯和，贵阳人，大学士士英子。国亡后卖卜金陵以死。士英当国，华亭顾在观为杨龙友所引，入士英幕，尝言阮大铖不可用。大铖欲起钩党之狱，在观说伯和泣谏，赖以稍止，是亦能干蛊者。”卓尔堪《明遗民诗》录其诗五十首，并为之传云：“马銮，一作鸣銮，字伯和，贵州贵阳人。壮时值南都新建，执政纷张，进言不听，遂绝仕进。及家国破亡，君子亦深谅之。晚年垂帘白下，有《咏美人》三十六绝句，寓意有在。”马銮曾隐居于姑熟（今安徽当涂县）直至天下安定，清康熙二年（1663年）后应江宁织造曹玺之聘回到金陵，担任曹玺之子曹寅的启蒙塾师。在曹寅《楝亭诗集》中收录有《见雁怀马伯和》、《哭马伯和先生二首》诗，从诗文中可窥曹马的师生之谊。马銮约生于明万历末，卒于康熙十六年以前，以其南都建言和民族气节为士林所重。
马锡，马士英次子，计六奇《明季南略》曰：“（弘光元年三月）十二乙未，史可法自劾师久无功。马士英请荫内官三人，各锦衣千户世袭。阮大铖荐马锡充总兵，仍莅京营。锡即士英长子，以白衣径仕。”作者计六奇将马锡误作“士英长子”。刘廷锡《广阳杂记》记录了其结局：“马锡，士英子也，为禁军提督。大兵渡江，枭首于市。”
章尔佩，马士英女婿，字灵药，贵阳人，以孝廉仕澄江太守。“弘光时，身在南京，忽思家而归，以此得免”。
杨龙友，马士英的堂妹夫，名文骢，号山子，贵阳人。万历戊午年（1618年）举人，诗书画皆擅，堪称三绝，著有《山水移》、《洵美堂》诗文集，为明末著名的书画家。《黔诗纪略》采录的诗作中有《送马瑶草北上》、《和马瑶草挽羽生鸿怨三首》、《寄马瑶草》，可见杨龙友对当年马士英寄予厚望。杨龙友历官华亭教谕、青田知县。南明马士英当国，任兵部职方主事，官至右佥都御史。唐王隆武政权成立，任兵部右侍郎。率部与清军交战，于仙霞岭被俘，不降被戮。
越其杰，马士英胞妹夫，字自兴、卓凡、汉房，贵阳人。万历丙午年（1606年）举人，历官夔州府同知、霸州兵备副使。弘光政权时，官至河南巡抚，清军攻入南京时不知所踪。著有《蓟门》、《白门》、《知非草》、《屡非草》等诗文集。冲然（谓马士英）为《屡非草》作有序文。
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