做完了这些前期准备后，谢安以谢石为前线大都督，谢玄为先锋，并谢琰、桓伊等人，率领以北府军为核心的八万精锐部队，分三路迎击秦军。
秦晋二军相比，秦军兵力庞大，但平均战斗力远不及东晋北府军——此前谢玄曾率领的北府军从广陵出发，沿淮河一路作战战四捷，赢得了淮南战役，威震北方。所以面对谢玄和北府军，前秦军队心里是有压力的。而北府军也很争气，先是刘牢之以五千精兵奇袭洛涧，大破秦军前哨，歼灭前秦精兵近五万人，前秦军光是阵亡就超过一万五千，其中大将梁成十人更是悉数被当场斩杀，成功地为被围困在硖石城的胡彬部解围。这场大胜不仅鼓舞了晋军的士气，更沉重打击了前秦军队的胜利信心，让很多心怀二意的野心家们都看到了大军内部的隐忧，看到了前秦并非铁板一块，蠢蠢欲动。
此后，双方部队决战于淝水，谢玄、谢琰和桓伊率领晋军主动出击，要求秦军后退少许，以便晋军渡河决战，苻坚打着“半渡而击”的主意，却不料他的庞大军队其实早已军心动摇，仅仅这稍稍后退，就让全军陷入了混乱。在这种情况下，东晋军队发起了不顾一切地猛攻，之前被俘虏而投降的前东晋将领朱序等人又率兵在秦军后阵捣乱，并且大呼“秦军败了”。于是前秦大军惊惶不定，不少前锋部队以至开始转身逃跑。苻坚的弟弟符融带领心腹精兵企图稳住阵势，却被溃军冲乱了部队，自己也摔下战马，被决死突击的东晋军当场斩杀。
随着苻融的阵亡，前秦军终究完全陷入了崩溃，八十万大军仓惶逃跑，被东晋军队一路追击，从决战的八公山附近追杀到寿阳，又从淝水西岸的寿阳追杀到淮河南岸的青冈，秦军仓惶渡河，互相践踏厮杀争夺渡船，死者盈野，充塞淮河。苻坚本人也在战斗中挨了一箭，仓惶逃到洛阳的时候，八十万大军已经只剩了不到十万——战死的倒是少数，主要是之前被他击败统治的各族军队都散去了。至此，前秦在北方的霸业土崩瓦解，这场惊天动地的大战最终以东晋的全面胜利而划下句号。
作为一名历史学家，程鹏对于淝水之战的经过真是熟悉到了倒背如流的地步，此刻一听到“北府军出动”的消息，便知道这场大战终究完全开幕——北府军前锋刘牢之将要率领五千精兵强渡淮河分支的洛涧，在这里击溃秦军徐州梁成、王显军，并度过淮河，去解硖石城之围，同时占据淝水上游，获得对前秦军队作战的优势。
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