设六部（吏、户、礼、兵、刑、工），各部长官（管部的大学士及尚书、侍郎等）称堂官，部下属各司的郎中、员外郎、主事以及主事以下的七品小京官称为司官。
在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府。
军事方面：军队主要看中枢系统。中枢又分京营和驻防两部分，京营中侍卫皇帝的称为亲军，由侍卫处（领侍卫府）领侍卫内大臣和御前大臣分掌，而御前大臣持掌乾清门侍卫和皇帝出行随扈，权位尤重。其他守卫京师的有骁骑营、前锋营、护军营、步兵营、健锐营、火器营、神机营、虎枪营、善扑营等。骁骑营由虎卫军都统直辖；前锋营、护军营、步兵营各设统领管辖；健锐营、火器营、神机营由于都是特种兵，设掌印总统大臣或管理大臣管辖；虎枪营专任扈从、围猎等，设总统管辖；善扑营则专门练习摔角。
地方上：大致分省、府、县三级，总督、巡抚为掌握行政、军事、监察大权的高级地方官员，布政、按察两使为督、抚的属官。与督、抚平行的有驻防将军和提督学政，不过驻防将军只管驻军；提督学政只管学校与科举考试，其权力不能与督、抚相比的。省以下有道的设置，道为监察区性质，不算正式行政区。道主要有分守道和分巡道两种，兼兵备衔，另有一些不属布政、按察二司的道，如海关道、管河道、督粮道、盐法道等。省以下为府，设知府、同知、通判等官，与府平行的有直隶厅，设同知、通判。府以下为县，设知县、县丞、主簿等官，与县平行的为散厅，设置同直隶厅。在少数民族地区则设专门机构管理，即土司，一般分为两种：一种由军事部门管辖，如宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、长官司等，其中还有前朝直接承袭下来的指挥使司，长官为指挥使，宣慰使、宣抚使、安抚使等；另一种是由行政部门管辖，也设府、县等，官员称土知府、土知县，通常由少数民族头人担任。
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