此令颁布后，十余名传教士依然滞留在长崎并担任葡萄牙商船长崎贸易的向导，一百三十余名耶稣会士仍在九州布教，教徒数量仍在迅猛增加，而以西班牙方济各修道会为代表的其他势力也开始进入日本。
但丰臣秀吉在庆长二年（一五九七年）获知西班牙人企图通过传教殖民倭国后，他再也不去考虑生丝的问题，愤然在长崎将二十六名传教士和信徒钉死在十字架上，并终止了和西班牙之间的贸易。
坚韧的传教士们仍然没有放弃，他们逐渐将天主教发展的重心从长崎转移到了江户地区，在江户甚至出现了方济各会的教堂。
此时的倭国刚刚经历过战国时代，有很多以宗教为组织形式的起义发生，比如“一向宗”起义就席卷了整个倭国.经“关原合战”与“大坂之役”后取代丰臣氏的德川幕府和丰臣秀吉一样，十分担心幕府无法掌控的天主教会引发大型的农民起义。
果不其然，宽永十四年（一六三七年）爆发的“岛原之乱”，正是以天主教为组织形式借着宗教的旗号发生在江户时代规模最大的农民起义，这使得幕府终于下定决心，用最严厉的手段来镇压天主教。
禁教从秀吉开始持续了近五十年，终于到了最为严酷的时候，从宽永十年（一六三三年）至宽永十六年（一六三九年），德川家光连续五次颁布“锁国令”，从禁止倭人出海，到禁止一切倭船出海，然后搜捕杀死外籍传教士，乃至收养葡、西人所生的混血子女者也一律处死。
“岛原之乱”后幕府下达最后一次锁国令，除中、荷两国外全面禁止外船来倭并切断一切同外国教会的联系。
就连中、荷两国的商船，也严格限制了人数和贸易地点，只能在长崎进行交易，其他港口全部封闭。这样做的目的一方面是防止西方传教士混入倭国，另一方面也是控制各地大名不让他们参与贸易，否则大名们通过贸易强大起来，对幕府将是一个极大的威胁。
荷兰人能够和中国商人一样获得这一特权，是因为他们只专注于贸易并不热衷于传教，而且时不时向幕府诋毁葡、西两国借天主教图谋不轨，借助倭国幕府的力量来打击两国。
此时中国最大的海商郑氏因受到大兴军毁灭性的打击而丧失了远洋贸易能力，荷兰人趁机抢占了倭国的市场，而且还垄断了中国和南洋、欧洲各国的贸易，绝大多数销往南洋欧洲的货物都要通过大员的荷兰人转手，荷兰人一家独大，搬银子搬到手都抽筋。
林东家不清楚倭国为什么锁国，但他清楚在其中最为得利的就是红番鬼，不过他也只能嫉恨地咒骂几句发泄一下，而陈永华和李盖此时的心情却变得更为急切。
李元利临走之时，就对他们交待过必须要做到的三件事情，一是剿灭海盗，二是打击走私，三就是打探大员、琉球等岛屿的虚实，为大兴军日后收复这些地方做准备。
红番鬼竟然在大员获利如此之多，而且他们的利益等于是从中国人身上吸血，这完全出乎李盖和陈永华的意料，也让他们极为愤慨，尽快收复大员的心思当然也更为急迫。
“红番鬼占了大员这咽喉之地，时不时就派出海盗船劫掠去南洋的海商，逼迫原本要下南洋的海商们转道大员，将货物卖给他们！要是再这样下去，用不了两年就再也没有跑倭国南洋的商船喽！”
林东家看着陈永华，沉着气小心地说道：“陈公子！有些话我憋在心里好久了，先前一直不敢问，可现在话已经说到这个份上了，却是想憋也憋不住！”
陈永华深得汉王殿下赏识，被赐封从三品同知，这事情早已传得沸沸扬扬，林东家自然也知道，现在陈公子和那位一看就是军中好汉的李爷一道搭他的船去大员，莫非是同郑氏一样去和红番鬼商量一起做生意？
郑森在的时候，与大员的红夷人有过协议，郑家给红夷输送生丝等中国货物，红夷人则为郑氏提供胡椒等南洋货物，这对于他们两家来说都有利可图，但对海商来说却是极为不利的事情。
“有什么话，你先说来我听听，若是能够说的，便说给你听也是无妨！”
“以前郑氏在的时候，海盗几乎匿迹，红番鬼也只能龟缩大员，郑家水师足可称海上霸主！那时我中国商船遍及东洋南洋，洋面上来往船只无论中外均悬挂郑家令旗！”
“然而郑军水师在大兴军海军面前，却完全不堪一击！我听说大兴军早在前年便已经从佛郎机人手中收回濠镜，佛郎机人与我中国商船同样缴纳关税，但红番鬼窃据大员，鱼肉我中国百姓，大兴军有此实力，却为何不驱逐红夷？”
“陈公子，李爷，您二位可千万不要误会，这只是我心中疑惑，所以才有此一问，却并非对大兴军有所不满，如果您二位觉得不便泄露，就当林某没问过好了。”
陈永华颌首道：“林东家多虑了！其实我大兴军现在没有驱逐红夷、剿灭海盗，却并不是怕了他们，而是目前我大兴军正在对东虏用兵，因此才只能把其它事情推延一步。”
“想必林东家也知道，东虏乃我汉人生死大敌，他们才是我大兴军最主要的敌人，而番夷和海盗不过是疥癣之疾，谁主谁次，不言而喻！不过咱们的海军已经腾出手来，他们也没有多久好日子过了！”
林东家连忙点头笑道：“原来如此！多谢陈公子为我释疑！”
陈永华道：“不过你们和红夷之间既然是生意，那必然是你情我愿，也没有人逼迫你们非得给他们将货物送到大员去，你刚才却为何有‘鱼肉百姓’一说？”
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