法琳，年少即出家，游历金陵、楚郢各地，遍学内外典籍。二十三岁时，隐居青溪山鬼谷洞，精勤诵习，白昼钻研佛经，夜间阅览俗典，学业大进，曾撰有《青溪山记》，文词婉丽，传诵一时。
三十岁时，出山来游隋京大兴，想了解道教的真实情况，遂著黄巾道服与道家交往，又还归佛教，住济法寺。太史令傅奕，上废佛法奏事十一条，唐高祖李渊征询沙门的意见，法琳这时据理回答，李渊无词以对，傅奕之议因而不行。但是傅奕把他奏事的内容公开宣布，因文中有秃丁、胡鬼等语，遂使社会上有鄙视歧视佛教僧徒的风气。这时有总持寺的普应撰《破邪论》二卷，又居士李师政撰《内德论》和《正邪论》，都广引佛教经论，破斥傅奕之说。
但是法琳以为佛教经论本为傅奕攻击的物件，纵然引用，岂能使其心服，于是自撰《破邪论》一卷，约八千多字，引据孔子老子推敬佛教等中国的古代传说，用傅奕等本身所信的学说以破斥其谬见，此论出后，虞世南特为写了一篇序文，风行一时。法琳为了要进一步转移当时社会上的视听，遂上书于皇太子，又上书于秦王备论傅奕之妄。
唐高祖下诏沙汰寺僧；只京师留三寺千僧，其余寺宇并赐王公，僧徒放还故乡。但到六月三日，高祖退位，太宗大赦天下，佛教又恢复旧观。本来武德初年有道士李仲卿、刘进喜等著《十异九迷论》和《显正论》等论贬量佛教，法琳为了造论破斥著成《辩正论》八卷十二篇，东宫学士陈子良为之制序。太宗舍太和宫为高祖立龙田寺，以法琳为寺主，波罗颇迦罗蜜多罗三藏来长安翻译《宝星陀罗尼经》和《般若灯论》等经典，法琳都参加笔受，审定名义，并为《宝星陀罗尼》制《序》。
有太子中舍人辛谞设《问难》二条以问纪国寺僧慧净，慧净著《析疑论》答之，并以此论送法琳阅览，法琳因此又著《齐物论》。唐太宗因为自姓李氏，欲推尊以老子李耳为始祖的道教，诏令道士女官的位次排在僧尼之前。当时僧众推法琳上表抗争，太宗不从。
有道士秦世英谮毁法琳，说他所著的《辩正论》，讪谤皇帝的祖宗，有罔上之罪，太宗大怒，又下诏沙汰僧尼，并逮捕法琳加以推问。遣刑部尚书刘德威，礼部侍郎令狐德芬，侍御史韦悰，司空毛明素等推问，法琳辞气不屈，刘德威等以推检状况奏闻，太宗于是亲自审问，当时问答有二百余条。到二十日，太宗又下诏令法琳念观音七天，届期行刑，看有无灵感，到期又遣人询问，法琳对答从容，太宗闻报欢喜，谕令免刑，又召法琳细问佛道优劣，法琳对答如理，太宗遂释其罪，令徙益州为僧，法琳又著《悼屈原篇》以叙己志，行至百宇关菩提寺，患疾，卒年六十九。
法琳的著作，除《破邪论》、《辩正论》而外，据同时的沙门彦悰曾加以搜集，谓共有《诗赋》、《碑志》、《赞颂》、《箴诫》、《记传》、《启论》、《三教系谱》、《释老宗源》等合三十卷。又据道宣所述，另有《表》、《章》、《诔》、《大乘教法》等名目，共有三十余卷。他的这部文集现已失传，但是重要的文字大都引用在彦悰和道宣二人，分别撰作的《法琳传》中。
在法琳当时，佛教和道教的斗争非常剧烈，法琳在此一斗争中，深入了解道教内幕，所以他的文字中保存不少有关道教的原始材料，而为现代研究道教史的重要依据。又因唐朝引老子李耳为祖先，法琳考查出唐代的祖先实出于元魏拓跋氏，这给后代研究隋唐氏族问题得到一个很好的启发，所以近代有些史学家也找出旁证支援法琳的意见。
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