都司即都指挥使司，是明王朝设立在各省的省级最高军事领导机关。其同管理民事的布政使司，管理刑事的按察使司，合称三司。卫和所则是隶属于都指挥使司的下一级地方军事机构。
洪武初年，中央设大都督府，做为全国的最高军事机关，统领全国各都指挥使司。洪武十三年（公元1380年）分大都督府为中、左、右、前、后五军都督府。
《明史兵志》载：洪武二十六年（公元1393年）定天下都司卫所，共计都司十有七，留守司一，内外卫二百二十九，守御千户所六十五。及成祖在位二十余年，多所增改，其后措置不一。
根据都司卫所制度的确立，明王前废掉了袭用元朝旧制而设的枢密、平章、元帅、总管、万户等军职官号，根据所统兵数额另置官称。
都指挥使司，设都指挥使等官。每个都司所辖卫所无定例，大体上以五千六百人为一卫，设指挥使等官。每卫管辖五个千户所，以一千一百二十人为一千户所，设千户等官。每千户所管辖十个百户所，以一百一十二人为一个百户所，设百户等官。每百户所又管辖两个总旗，设总旗官。每总旗及设五小旗。
明朝卫所军士的来源，基本上有四个途径。据《明史兵志》载：卫所取兵有从征、有归附、有谪发。从征军，即原来的农民起义军及反元群雄各部的战士。归附军，即投降的元军部队。谪发军，即因犯罪而被罚充军役的官吏和军民。谪发军亦称为恩军或长生军。除上述三种外，第四类是垛集军，即由全国各地征平民所充之军，这是卫所军士的主要来源。平民一被征为军士，便世世代代为军籍，不得交易。明朝的民籍和军籍有严格的区分，军籍又称为军户。
全国军户，均由五军都督府直接管辖，而不受地方行政长官的约束。所有军户皆为世袭。每个军户的在卫军士，其主要任务是在固定的卫所充当额军，被称为正丁。正丁子弟为次丁或余丁，正丁死亡，要由该军尸的次丁、余丁依次递补。若本户绝嗣，则要由同族人递补。
五军都督府虽是全国最高军事机关，但只负责各都司卫所军队的管理和训练。军队的调遣，军官的任免则权属兵部。国家遇有战争，由兵部秉承皇帝旨意，委派都督府官，或公、侯、伯出任总兵官。朝廷发给其印信，支结军队；战事结束后，将帅回朝复命，军队则各回卫所。明王朝这种分割将帅权力的军事制度，旨在避免将帅擅兵自立，危害朱氏中央政权。
明初，战争较为频繁的北部边地，朝廷派来的总兵官渐渐地变成了总领一方军务的固定官职，这时期的总兵官被称为镇守。镇守以下，独守一路的称为分守。独守一城一堡的称为守备。与主将同守一路的称为协守。总兵官又分正、副。下设参将、游击将军等官。总兵官是由朝廷派出的，比原都指挥使司等地方长官，位高权大，所以后来都指挥使司渐渐变为总兵官的下属了。
总兵官成为镇守地方的最高军事长官之后，再有战争时，朝廷又要往下派员，称为巡抚。后来巡抚亦成定职，长驻地方。巡抚多以都御史或副佥都御史充任，因其要提管军务，所以又加提督军务，或赞理军务，参赞军务名义。这样一来，不仅原来的都指挥使司，布政使司、按察使司要受其节制，就连总兵官亦要听其指挥。
正统以后，北方局势日趋紧张，战争此起彼伏。当时修筑长城，或调兵遣将多涉及几个镇。为调节、辖制各镇，以利统一作战，朝廷开始派重臣出任总督或总制、总理之职。这样总督便又成为地方最高的军政长官。到了明朝末期，朝廷又于总督之上，派兵部尚书出任经略，派大学士出来督师。
明朝的卫所军又称屯军。都司卫所制度建立之后，粮饷的问题，便成了首要问题。一律由内地调运，既加重了内地的负担，且距离遥远，运输十分不便。为了解决这一问题，由洪武二十六年（公元1393年）明廷制定了军士屯田则例。明确规定：边地卫所军，以三分守城，七分开屯耕种；内地卫所军，以二分守城，八分开屯耕种。每个军士受田五十亩为一份，发给耕牛、农具、粮种等，三年后交纳税赋，每亩一斗。建文四年（公元1402年）定科则，军士一份屯田，征粮十二石。所征之粮贮于屯仓，由本军自行支配，余粮为本卫官军俸粮。
这样明王朝早期，养兵一百五十余万，饷粮和军需基本上全由军屯收入所支给。卫所军士粮饷按月由屯粮支放，称为月粮。
据《明史食货志》载：洪武时规定，在京在外，各卫马军月支米二石，步军总旗一石五斗，小旗一石二斗，军一石。守城者如数发给，屯田者半之。因罪而被发配充军者每四口以上给一石，三口以下给六斗，无家口者给四斗。
英宗正统之后，卫所制度逐渐衰败，各级朝廷命官占夺屯田，任意役使卫所军士，很多军士甚至被迫为权贵种地，沦为佃户。军士们病无医药，死无棺敛，致使军士逃亡量越来越大，而军官则引以为利，以贪污缺额月粮。这种现象到明嘉靖以后已十分严重。如《荆州外集》所载，唐顺之在复勘蓟镇边务之后，给皇帝的奏疏中记道：“从黄花镇起至居庸关，尽镇边城而止，凡为区者三，查得原额兵共二万三千二十五名，逃亡一万零一百九十五名。”居庸关一线，是被视为决定朝廷命运的军事重镇，此处尚且如此，其余的地方军队涣散情况，就更严重了。在这种情况下，全国卫所战斗力已弱不经战，军屯制度也彻底崩溃了。
英宗正统末年，卫所军战斗力日趋削弱，募兵制度开始出现。募兵同卫所军不同，是朝廷为应付战争，在老百姓中召募成军的。募兵仍为民籍，入伍后一切粮饷、军需全靠国家发放。国家反过来又把这笔巨大的军费开支通过加派、加赋等科索聚敛的手段，转嫁到农民身上。随着募兵数量的不断增多，农民所承担的赋税徭役就越来越重。
这样一来，阶级矛盾和民族矛盾就势必日益尖锐起来，而明王朝为镇压越来越强烈的阶级反抗和民族反抗，就必须增加募兵。这是明王朝走向灭亡的因素之一。
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