此时倭军自忠清右道公州牧兵分两路，由幕府第一军左副将：加藤清正、幕府丰后国藩主：太田一吉，率兵攻取了忠清右道清州府、天安郡，幕府第三军甲斐守：黑田长政、幕府第八军右军大将：毛利秀元，率兵攻取全罗右道全州府黄石山城。
其余倭军则乘胜长驱直入，再次将兵锋指向京畿右道汉城府，各地的李氏朝鲜守军们又得知明军撤退，顿时战心全无。
又加上倭军的节节胜利，使得京畿右道汉城府再度陷入到恐慌之中，就连明备倭总兵也准备放弃汉城府王京，携带李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，北逃平安西道平壤府的打算。
很快驻扎在平壤府的明都察院右佥都御史兼朝鲜经略：杨镐，得知后，他急忙赶到京畿右道汉城府，当面斥责了明备倭总兵的举动，责其不战之状，并将临阵脱逃的明军南原都护府守将明东征左副总兵：杨元，押解回去辽东都指挥使司辽阳卫问斩。
并打算交由明辽东总镇总兵：李如松，处理，至于全州府守将明大宁总兵：陈愚衷，则打三十军棍用来稳定军心。
9月15日，李氏朝鲜三道水军统制使：李舜臣，获知倭军即将进攻的消息，立刻召集诸将，以〈必死则生，必生则死〉和（一夫当迳，足惧千夫）的信念来激励大家背水一战。
翌日，李氏朝鲜三道水军统制使所率的12艘战船在全罗右道海南郡之鸣梁海峡，遭遇到了330余艘倭军战船，战况一触即发。
此时李氏朝鲜三道水军统制使不慌不忙，开始下令诸船一时鼓噪齐进，各放；地、玄，字（火铳番号）又加上箭镞射击如雨下，声震河岳，贼船三十只被撞破，不敢靠近李氏朝鲜水师船队，只能识趣撤退。
此乃天幸，事后明朝鲜经略：杨镐，赏给李氏朝鲜三道水军统制使大量白银和红缎，以示战功嘉奖。
李氏朝鲜郡王更是打算升他为“崇政大夫”但有大臣说李统制使官阶已高，如果再立功勋则难以奖赏，因此李氏朝鲜郡王就没有给李统制使继续升官，只给李统制使的手下诸将们升官。
此时另一边刚上任的明蓟辽总督：邢玠，当机立断斩杀了奸臣明御倭游击将军兼通事：沈惟敬，又上奏朝廷揭发明兵部尚书：石星，通倭罪证。
把石星抓去北镇抚司诏狱大牢。
而明备倭总兵为了拖住倭军北上的攻势，为明军动员争取时间，特此决定伏击倭军，命明备倭副总兵：解生，等率军2600人奔赴忠清左道稷山县北部，巩固京畿右道汉城府的前沿阵地。
9月17日，明都察院右佥都御史兼朝鲜经略下令让明军设伏于稷山县附近，恰好与幕府第三军甲斐守发生遭遇战，倭军先头部队被击溃。
又遇明军的后续部队明神武中卫游击将军：杨登山，率军赶到彻底击败倭军。
后因幕府第八军右军大将也赶到，打击明军从容撤退，迫使幕府第三军甲斐守成功的占领了稷山县，但却依旧未能北上京畿右道汉城府。
此战为明军以少胜多的战例，史称（稷山大捷）虽然倭军最终占领了稷山县城，但倭军却慑于明军的野战能力，未敢前进，永远的丧失了战争主动权，对明、幕，双方战略意义重大。
不久，倭军全线撤退至尚庆左道庆州府釜山浦，而明军阻滞倭军攻势，为大明帝国增兵李氏朝鲜王国赢得了时间，战略目的完美实现。
是役明军伤亡两百余人，倭军伤亡六百余人。
随后明蓟辽总督：邢玠，还派明广东都指挥佥事：陈璘，在忠清左道青山县夹击斩杀倭军5千人获得小胜，史称〈青山大捷〉。
但倭军却闭城不出坚守待援，被明军围困十日却不能克！倭军则以诈降为缓兵之计拖住明军。
9月21日，青海蒙古部土默特首领：孛儿只斤·清永，等部首领又继续入侵西宁卫边境，被明延绥总镇总兵：达云，与诸将分兵抵御，先后斩首蒙军一百七十多人。
另一边前任明播州宣慰使：杨应龙，又继续攻占了四川承宣布政使司重庆府江津县、南川县、泸州合江县，贵州承宣布政使司铜仁府洪头屯、高平屯、新村屯，以及侵略湖广承宣布政使司保靖州宣慰使司、辰州府，总共48屯地区，惹得地方官府震惊，朝廷震怒。
10月17日，明神宗：朱翊钧，授封安南黎世宗：黎惟潭，为（大明安南都统使）使得安南政权又从莫氏转入黎氏。
另外明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）还与叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布杨古、叶赫女真部东城贝勒：纳拉·金台吉，联姻椎牛刑马为盟，逐步孤立了哈达女真部和辉发女真部。
为了隐瞒朝廷自己势力扩大的消息，明建州左卫军民指挥使决定第四次入京城，前去朝贡大明帝国。
而这次明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·舒尔哈齐，也一起前来，这是他第二次入京朝贡，也更加助长了他的野心。
在到达京城之后，两人都受到了朝廷隆重接待，并赏赐了许多的金银绸缎，其中明建州左卫军民指挥使在得知朝廷又一次发兵抗倭时，明建州左卫军民指挥使大义凛然地再次提出，要发兵支援。
但这次依旧被明神宗，给好言相劝拒绝了，不过看在他的忠心份上，已经镇守辽东都指挥使司女真各部也需要兵力，便赐封他为“龙虎将军”赏〈尚方宝剑〉。
而朝中官员有些担心建州左卫军民指挥使司做大？又加上建州右卫军民指挥使司与建州卫军民指挥使司暂无人管理！
于是明神宗为了制约明建州左卫军民指挥使，便授封明建州左卫军民镇抚使为“建州右卫军民指挥使”来做为一种战略对策，也算是尽力拉拢和收买效忠于大明帝国之人。
此事被明建州左卫军民指挥使看在眼里、恨在心里，两者间的矛盾瞬间激化。
不过明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，却是非常的感激大明帝国恩宠，他决定誓死捍卫大明帝国，除了积极与大明发展密切关系之外，他还通过联姻把二女儿：爱新觉罗·额恩哲，嫁给明宁远伯：李成梁，次子明东征右副总兵：李如柏，为妾加强联系。
并且利用姻亲关系，与其它女真部落炫耀，用来扩大他个人的实力。
10月11日，明备倭总兵：麻贵，以明御倭总兵：李如梅，率领数千人攻向尚庆右道星州牧固城县，幕府从四位下筑后守：小早川秀包、幕府筑后三池：筑紫广门，负责死守城池。
但由于明军猛烈攻势，再加上探哨来报援军到达，之后两人商议决定趁夜突围去迎接幕府冈山藩左卫门督：小早川秀秋，派出的援军幕府从五位下玄藩头：山口正弘、幕府兵库头：南部无右卫门，汇合后转守为攻，重创明军。
使得明御倭总兵遂下令退去，因此被革职查办。
同时攻打忠清左道青山县的幕府第八军右军大将兼长府藩藩主：毛利秀元，等倭将则被明沈阳中卫左参将：彭友德、明沈阳中卫镇抚使：柴登科，率领的明、朝联军重兵包围，死伤惨重。
怎奈从尚庆左道蔚山都护府出来了的，幕府从五位下左京大夫：浅野幸长、幕府河内守：宍户元续、幕府丰后国藩主：太田一吉，等倭军将领接应，并掩护他们撤退。
10月26日，幕府倭军水师第一军伊势津藩主：藤堂高虎，则率领133余艘战船出发，欲趁涨潮时攻进鸣梁海峡，全歼李氏朝鲜水师。
结果李氏朝鲜三道水军统制使：李舜臣，首先将海峡内的民用船只侨装成战舰，以此来扰乱倭军，使其以为李氏朝鲜水师船队已经恢复过来。
他自己则亲率14艘战船引敌深入鸣梁海峡，在成功引诱倭军进攻后，李氏朝鲜三道水军统制使随即便发起了集中的攻击，对准倭军指挥舰攻去，结果歼灭了倭军指挥舰和其他战船2艘，并击毙幕府第四军水师河野家督大名：来岛通总。
同时间潮水开始退却，李氏朝鲜船只趁势进攻，倭军船只却因失去主帅，军心散涣，只得顺潮向东撤退。
但却遇上了李氏朝鲜三道水军统制使事先埋下的铁索和木桩，使其无法退却。
结果李氏朝鲜水师全力拼杀，击毙倭军十数人，击杀三岛水军的大将幕府风早郡领主：得居通年，并挫败倭军水师力量，史称“鸣梁海战”。
12月初1日，援朝明军追击倭军至尚庆左道蔚山都护府，各路明军接连获胜，倭军节节败退。
明万历二十六年公元1598年正月23日，明军开始攻打蔚山都护府，以明宣武卫游击将军：茅国器，率领的南军作为先锋，展开凌厉的攻势，并迅速突破了蔚山都护府城门，把幕府第一军左副将兼主计头：加藤清正，率领的军队围困在岛山城。
然而明都察院右佥都御史兼朝鲜经略：杨镐，却徇私将马上就要突入岛山城的南军部队，给换成辽东军前去攻城。
结果失败，丧失了最佳战机！
此时又因幕府第八军正三位参议：毛利秀元、幕府第三军甲裴守：黑田长政，等倭军的援兵突然赶至，让明军们大为震惊。
恰逢天又下起了大雨，明军火器无法使用，瞬间解了幕府第一军左副将部队之危难。
这时候明朝鲜经略又指挥失误，下令仓促撤军，策马率先赶奔京畿右道汉城府，明备倭总兵：麻贵，继而赶之，一时间大部分明军皆溃败。
本章结束