1937年，裕仁和他的顾问们建立了“金百合组织”，这一机构确保劫掠来的财富只流入天皇的金库中。它是一个皇室组织，包括金融、会计、簿记、船运专家及各种宝物专家。该机构由皇族成员监督，通过操纵黑社会来实行。
当日本军队开始包围南京时，蒋介石命令戴笠把国家博物馆的藏品和其他城市的艺术品尽可能多地装箱，最后，它们被运送到中国西部成都和重庆，但能够装箱和运走的毕竟有限。
南京陷落后，金百合行动的第一批执行者是宪兵队。被调遣来的宪兵特别行动小队四处搜查，扣压所有中国政府的财产，炸开银行的库房、抢劫富家及中产阶级的商人和其他人士的黄金、宝石、珠宝、艺术品和货币。据说，在这一阶段，秘密宪兵至少收集了6000吨黄金。
日本在掠夺中极为重视具体细节，其中一个重要的例证是，当时有一支经过精心挑选的，对珍贵书籍和文稿有专门知识的搜集文物的特别行动组织。其中一些是日莲宗的和尚，他们的任务是在图书馆、博物馆、私人藏书或寺院的佛经里挑选这类书，然后把这些珍宝运到东京。在掠夺前，他们已在中国四处游历，与私人收藏者交朋友，编制了最珍贵书籍和文稿的目录。
南京大屠杀之后，1000多名这样的专家来到南京，开始从珍贵的藏书和文稿中挑选。尽管南京相当一部分已成为废墟，但储藏这些书籍的建筑则处在严密的安全保护下。日本的皇家图书馆有优先挑选的权力，最珍贵的物品被挑出供天皇亲自过目。每一件东西都被仔细地编号、打包，然后放入防水的箱子里。他们还编制并复制了多本详细的目录，以确保在运往日本的途中不会丢失任何东西。大约2300名中国劳工为物品打包，400名日本士兵监督他们的工作，用了300多辆卡车把这些箱子运往上海，然后装船。
作为日本对外侵略的受害国，中国的受害者比其他任何民族和国家都要多得多。在1895年至1945年间，同其他地方相比，日本从中国掠夺的财宝最多。日本对中国的掠夺从东北开始，然后波及上海、南京和全国数百个城镇，中国价值数十亿美元的金块、财宝、钻石、色彩多样的宝石、瓷器、艺术品、远古化石、无价的线装典籍、宗教文物和祖传宝贝都成了日本人的囊中之物。
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