曹操只有几百残兵，自然也只好拥立刘琮。军师祭酒郭嘉私下劝道：“主公，蔡瑁等人主和，如果让刘琮做荆州主，他必然投降。不如立长子刘琦为荆州主，与江东联手抗朝廷！”曹操为难道：“蔡瑁等人手握重兵，拥兵数千，我只有区区几百兵马，不是蔡瑁敌手啊！”郭嘉笑道：“无妨，蔡瑁等人短视，到了江夏便可擒杀！”
众人行到夏口，刘琦依计先与黄祖儿子黄射见面，许诺立黄射为江夏太守，并联手江东驱逐朝廷大军，为黄祖报仇。黄射感激涕零，率上万人马归顺刘琦。刘琦与曹操暗中商议，决定趁为刘表发完丧之际动手。
几日后为刘表发丧，蔡瑁、张允等人趁机拥戴刘琮即位。突然刘琦领着黄射等人赶到，包围了大堂。刘琮只有十余岁，早吓得魂不守舍，躲到蔡瑁身后。蔡瑁怒指刘琦问：“大公子，你要做什么？”张允也拔剑出鞘，怒视黄射。刘琦笑道：“众将士都在，我是嫡长子，本该我承继大位，你们倒行逆施，拥戴我二弟，你们要做什么？想谋反吗？黄太守，有人要谋反，你说该怎么办？”黄射冷笑道：“谋反是死罪，人人得而诛之！”
蔡瑁大惊失色，已经料到败局已定。他心有不甘，还想放手一搏，大怒道：“少公子即位是主公的临终遗言，这件事不光我、张允、刘别驾、蒯治中在场，还有曹将军也在场。黄将军如果不信，也可以一一询问。你如果迷途知返，主公念在你父立下赫赫战功，可以既往不咎。”黄射冷眼一瞥，堂外曹操领着众人疾步而来。
曹操朝刘琦拱手一拜，“左将军曹操见过荆州牧！”蔡瑁大骇，指着曹操怒问：“曹操，当日先主去世，你也在场，你为何要拜大公子？”曹操嘿嘿一笑道：“当时刘景升明言，让长子刘琦承继大位。蔡将军心怀不满，气死了刘景升，你还不知罪？”蔡瑁大怒，刘琦一挥手，众士兵齐齐冲入堂上。蔡瑁见败局已定，只好跪地求饶：“请大公子看在后母份上，饶过少公子！少公子什么都不懂，也无心与大公子争位，望大公子开恩！”
刘琦当上荆州牧，虽然放过刘琮，却没有打算放过蔡瑁、张允等人，派人剥夺了蔡瑁、张允兵权，将兵权交给大将文聘、王威。又任命刘磐为南郡太守，黄射为江夏太守，一边组织防御，一边派人联络江东。
刘备占据江陵城，已经是初冬时节。尚书贾诩趁机建言：“不如暂且休兵，待荆州人心安定，我军兵精粮足，再讨伐江东。到时候徐州、豫州兵在北，荆州兵在西，江东弹指可定！”刘备欣然点头，又问尚书令诸葛亮，诸葛亮笑道：“曹操屈身刘琦，看起来亲密无间，其实矛盾重重，相互猜忌。我料长则半月，短则三月，二人必生矛盾，到时候鱼死网破，必然两败俱伤。至于孙刘联盟，更是脆弱不堪，曹操是乱世枭雄，孙权岂能不忌惮？”
刘备顿时明白，于是任命陈登为荆州都督，率军三万驻守安陆，命关羽率军三万驻扎江陵，命太史慈率军五千驻守襄阳，自己率军返回豫州，准备第二年春再讨伐江东。孙权见刘备没有讨伐江东的意思，命左都督周瑜、右都督程普率水军三万驻守鄂县，自己率军返回吴郡。
不久刘琦与曹操爆发矛盾，曹操请求招募兵勇五千，刘琦没有同意，反倒命文聘招募五千兵马。曹操暗恨，召来军师祭酒郭嘉、治中荀攸商议对策。荀攸皱眉道：“眼下刘备虽然退去，但他的十万大军没有退，分别驻扎安陆、襄阳和江陵，如果这个时候闹内讧，恐怕对我军不利。何况荆州是刘表的天下，荆州士人都服从刘氏，如果取而代之，恐怕荆州人心都要归刘备了！”
曹操不甘心，又问郭嘉，郭嘉笑道：“无妨，如果不早日谋划，恐怕刘琦要把咱们都软禁了。废了刘琦，拥立刘琮，有刘琮在手，荆州人心还是咱们的。到时候主公代理荆州事务，便可以大展才华！不过想废了刘琦，得利用好一个人：蒯越！”曹操大喜，请荀攸画计。荀攸趁机献计道：“不妨用一招螳螂捕蝉黄雀在后，先废了刘琦，再废了刘琮！”
于是曹操暗中联络蒯越、蒯良，曹操剖心置腹道：“天下即将一统，刘州牧却负隅顽抗，这是自寻死路啊！我有心归顺朝廷，不知道两位的意思？”治中蒯越不屑一笑道：“孟德说笑了，你是不是打算夺取江夏，自立为主？”曹操暗惊，“这……怎么可能？”蒯越起身大笑道：“你曹孟德是乱世枭雄，岂肯屈居人下？你如果真想自立为主，我倒可以助你一臂之力！只不过我有个要求，望孟德答应！”
曹操大喜，疾问。蒯越娓娓道：“希望孟德不要多造杀孽，留刘琦公子性命！”曹操当即答应，以蒯越名义请来刘琦，趁机斩杀护卫，软禁刘琦。再以刘琦名义，召来文聘、王威，一边软禁二人，一边派蔡瑁、张允前往军营接管部队。
蔡瑁、张允趁机拥戴刘琮为荆州牧，不料曹操率军赶到，以谋反罪诛杀蔡瑁、张允，趁乱斩杀刘琮。曹操继续奉刘琦为荆州牧，自领江夏太守。黄射大怒，率城外三千兵马前来质问，曹操以刘琦名义责备黄射，黄射真假难辨，只好上书请罪。曹操又命黄射进城拜见，黄射见刘琦亲笔信，只得入城，却被曹操斩杀，吞并了部队。
曹操命曹仁、夏侯惇、夏侯渊接管全部兵马，又罢免了忠于刘琦的大将刘磐、王威、别驾刘先、长史庞季、从事伊籍等人，重用大将文聘、治中蒯越、蒯良等人。
不久刘备迁都洛阳，自领司隶校尉，任命臧霸为关中都督。汉帝加封刘备为涿郡侯，食邑万户。益州牧刘璋趁机派别驾张松前往请求归顺，刘备也任命刘璋为益州牧。关西马腾见刘备拿下荆州，大惊失色，料定刘备早晚一统四方，忙应召前往洛阳。刘备调伏完为并州刺史，董承为兖州刺史，马腾为太尉兼雍州刺史，韩遂为凉州刺史。交州牧士燮也请求归顺，刘备仍然任命士燮担任交州牧。
第二年春，刘备早命人大练水军，正打算出征讨伐江东，尚书令诸葛亮趁机建言：“主公，不妨再等等，孙权内部叛乱在即，夏口曹操与刘琦已经生了嫌隙，咱们以逸待劳，完全可以不费一兵一卒令天下归心。只要士人归附朝廷，这些些许残敌将不战自溃！”刘备欣然点头，于是蓄养良马，积蓄钱粮，训练水军，打造战船，招贤纳士，准备秋季再南征。数月之后，天下人心归附，荆州、益州、汉中士人纷纷北归。
由于陈登驻守安陆，关羽驻守江陵，太史慈驻守襄阳，虎视眈眈，荆州各地人心惶惶，纷纷归附朝廷。先是武陵太守金璇、零陵太守刘度、长沙太守韩玄、桂阳太守赵范归顺刘备，刘备以朝廷名义任命四人依旧担任原职。后是竟陵县、云社县、南新县等纷纷归顺朝廷。曹操据守夏口，只剩半个江夏郡，人口不足十万，钱粮不足，只够养兵一万，且人民困苦不堪。
曹操暗自焦虑，派荀彧前往江东借粮。孙权趁机道：“孟德既然缺粮，不如投奔我江东，我可以源源不断供给他粮草，甚至兵马。”荀彧不卑不亢道：“孙将军，如今刘备大军虎视眈眈，早晚必然入侵江夏。现在长江南安归江东所有，可江北握在我荆州手中，一旦江北陷落，江南早晚不保！孙将军是英明睿智之主，当知道唇亡齿寒的道理！”
孙权冷笑道：“江夏之主是刘琦，不是曹操，要借粮也该是刘琦的手谕，而不是曹操的手谕。何况曹操拥兵不足一万，如何能抵挡刘备几十万大军？到时候还是靠我江东出力？曹操如果想活命，只有依靠我江东，否则何必派先生前来？”荀彧疾声驳斥：“将军这话我不敢苟同，你我两家合则两利，斗则两败。刘备不出半年就会挥军南下，如果我军覆灭，孙将军能独自抗衡刘备大军吗？”
鲁肃欣然点头，于是劝孙权打消合兵一处的念头。孙权大笑，暗暗敬佩，命人调粮二十万石赠送到夏口，趁机道：替我回复孟德，两家唇齿相依，我绝不会抛弃荆州。望他好生掌兵，替我挡住刘备大军，我必然全力支持他！无论谁坐荆州主，只要能挡住朝廷大军，我绝不干涉！”
曹操有了二十万石粮草，迅速募兵五千，命夏侯惇、夏侯渊、荀攸、乐进、文聘率军一万驻防夏口，曹操亲率曹昂、曹仁、郭嘉、许褚、徐晃等人退守鄂县。
该年秋，孙权招募陆逊入幕府。鲁肃趁机建言：“刘备兵精粮足，不久必然入侵，可命公瑾率先进驻沙羡，与夏口遥相呼应。咱们拥兵三万，曹操拥兵近两万，集齐五万大军可以据守险要与刘备周旋！如果刘备败，我军乘胜追击，拿下江陵和江南四郡；曹操趁机北上，攻下江夏和襄阳。如果刘备胜，我军退守浔阳，曹军退守蕲春，互相支援，仍然可以抗衡刘备。”
不久周瑜率水军进驻沙羡，请鲁肃前往拜见曹操。鲁肃询问曹军布防情况，曹操笑道：“子敬先生放心，江北鲁山、夏口都在我手里，如果刘备攻夏口，鲁山兵马会迅速插入敌后。只要刘备水军不来偷袭我军后方，即便安陆的三万大军都来了，也不是我的敌手！”
三日后刘备亲率五万大军南下，号称三十万大军。命讨逆将军关平率军五千驻守襄阳，派忠义将军赖恭率军三千驻守樊城，派建节将军霍峻率军三千驻守江陵，亲率八万大军水陆并进逼近夏口。先派平北将军张飞、虎烈将军黄忠、鹰扬将军魏延率陆军三万沿江南东进，接着亲自领着尚书令诸葛亮、尚书贾诩、平东将军关羽、平南将军赵云、平西将军太史慈等率五万水军沿江而下，再命冠军将军张绣率军一万押运粮草。
为策应荆州军，刘备又调陈登四万大军攻夏口，虎牙将军淳于琼、尚书刘晔率军一万攻庐江，徐州都督糜芳、尚书许攸率军一万攻九江。
陈登早接到奏报，派平狄将军张郃率军一万逼近鲁山，亲率三万大军逼近夏口，命平虏将军高顺为先锋，命平寇将军张辽领中军。鲁山守军是夏侯渊和乐进，夏口守将是夏侯惇和文聘，两军各自据守，都不敢主动出击。陈登突然撤去夏口围兵，全力进攻鲁山。鲁山只有三千人马，夏侯渊很快支撑不住，既缺兵又缺水。乐进劝夏侯渊尽快突围，夏侯渊无奈道：“突围也是死路一条，只有坚守待援才是唯一出路！”
夏侯惇听闻鲁山被围，急忙召集三军。荀攸劝谏道：“将军不可，这必是陈登的围城打援计谋，咱们如果出城援助，必定中计！”夏侯惇怒吼道：“难道让我眼睁睁看着族弟去死？”荀攸急切道：“主公有令，不可轻举妄动啊！将军如果不信，不妨派文聘将军前往，一辩真伪！”
夏侯惇于是亲率三千人马守城，命文聘率军四千前往救援鲁山。文聘硬着头皮率军前往，果然中了陈登计谋，被张郃、高顺两军截杀，死伤惨重。文聘心灰意冷，率军投诚。不久夏侯惇亲率两千人马前来救援，又被张郃、高顺两军大败。夏侯惇被迫退往夏口，不料半道遇到荀攸率领几百残兵赶来。原来夏侯惇前脚刚走，张辽后脚率军五千攻城，半日就拿下了夏口城。
荀攸叹气道：“既然丢了夏口城，咱们就只能退往邾县，与主公夹攻而守。”夏侯惇被迫率几百残军退往邾县。陈登趁机围攻鲁山，斩杀乐进，夏侯渊不肯投降，自杀身亡，余部下山投降。陈登进军夏口，派人阻断周瑜水军退路。
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