在荀谌的引荐下，荀彧见到了袁绍，而被袁绍委派去讨伐黑山军刚获胜归来的曹操当时也在边上。虽然被袁绍以上宾之礼厚待，但荀彧在交谈间觉得袁绍最终难成大事，反倒是对曹操印象深刻觉得他能成雄主。于是荀彧没有加入袁绍的幕僚团，而是转投了曹操。曹操身边正缺乏谋士，见有名门智士来投不由喜出望外，热情接待了荀彧，并与之彻夜长谈。曹操问计于荀彧自己该如何发展实力，后者说：“最近青州的黄巾军残部发展迅速，还攻破兖州杀死了刺史刘岱，明公不如率兵前去讨伐，借机收降士卒并占据兖州作为根据地。”曹操听了大悦道：“文若你真是我的子房啊！”
正好曹操因大败黑山军的于毒、白绕、眭固而被袁绍表为东郡太守，让他出兵兖州的计划显得更加顺理成章。于是曹操用荀彧为别部司马，然后借着去东郡上任之名而向袁绍告辞，临行前荀彧又向曹操举荐了同郡的戏志才为幕僚。
曹操刚到东郡，当地人陈宫就前来投奔。陈宫，字公台，性情刚直，足智多谋，年少时起就常与海内知名之士相互结交。见到曹操后，他献计说：“刺史刘岱战死后兖州眼下处于无主状态，在下愿为曹公奔走劝说本地州吏共迎曹公为州牧。”曹操听了点头道：“如此甚好，那就麻烦公台走一趟了。”得到曹操的认可后，陈宫首先去见了济北相鲍信。鲍信早在反董卓联军集结酸枣时就很欣赏曹操，立即赞成了陈宫的提议，于是鲍信带着于禁、万潜等一众州吏到达东郡共迎曹操担任兖州牧，还向曹操推荐于禁之才可任大将。于禁，字文则，泰山郡钜平县人，黄巾之乱爆发后曾跟随鲍信参与讨伐而立下战功。曹操召见了于禁，并拜他为军司马。
领兖州牧后，曹操的首要之事就是集结军马击败盘踞在兖州的青州黄巾军。戏志才对曹操说：“黄巾军得胜后骄傲轻敌，明公可以遣少量轻骑诱敌，然后以步兵大军设伏围剿。”曹操觉得戏志才与自己的想法不谋而合，便决定在寿张迎敌，并令夏侯惇领步兵设伏，而为了确保诱敌成功，曹操亲自和鲍信一起带少量骑兵先行引黄巾军入包围圈。可是夏侯惇由于对兖州的地形不熟走了岔路耽误了布置伏兵的时机，导致曹操和鲍信到达战场时步兵未到却先与敌军相遇。黄巾军见到曹操后迅速围了上来，鲍信为保曹操周全奋身在前，最终力战斗死，但是他争取到了宝贵的时间，让曹操等来了夏侯惇的援军，打退了黄巾军。不过由于战场纷乱，两军都死伤众多，使得鲍信的遗体没有被寻到。曹操非常悲痛，命工匠用木头刻出鲍信的模样，洒泪祭之。
为了不给黄巾军喘息的机会，曹操整顿军马后再次进兵，终于在济北大破黄巾军，并迫降三十余万人，一举平定了兖州。曹操遣散了老弱病幼的士卒，只将青壮男子收编，组成精锐数万，号“青州兵”。组建了这支部队后，曹操的实力有了极大的提升，也得到了当地大族的支持。山阳郡巨野县人李乾是兖州有名的豪杰，在乘氏集合了好几千食客。李乾的侄子李典，字曼成，自幼好学，文武通才，他觉得曹操是天下英雄，便力劝李乾带领众人跟随，李典则被曹操留在军中任职。
曹操自己也在兖州广纳贤才，他听说了名士程昱正在家中隐居，便派人前去相邀。程昱，字仲德，兖州东郡东阿人，本名程立，因梦中在泰山捧日，便更名程昱。黄巾起义时，因东阿县令逾城逃走，程昱便主动率领民众抗敌保全乡里。后来刘岱任兖州刺史时，袁绍和公孙瓒都向其示好，刘岱不知该如何站队，他听说程昱多谋能断大事，便向他请教。程昱说：“如果放弃袁绍这个近援而求于公孙瓒为远助，不就等于求人从远处赶来救眼前溺水的孩童么。况且公孙瓒也不是袁绍的对手，虽然现在兵力稍强，但最终必为袁绍所擒。如果刺史您只取其一朝一夕之势而不思虑长远的计划，那必败无疑。”刘岱听从其计，后来果然传来了袁绍在界桥战胜公孙瓒的消息，刘岱对程昱的远见非常佩服，表奏他为骑都尉，却被程昱以身体抱恙而推辞。
此次收到了曹操的征辟后，程昱一口答应并即刻准备上路。他的同乡友人都不解他的行为，问他：“仲德你先前不肯为官我们还以为你淡泊名利，怎么现在又上任地如此迫切？”程昱听了只是笑笑没有回答。一见到程昱，曹操立刻和其谈论大事，程昱说：“徐州与兖州相邻，而刺史陶谦又和袁术结盟，与曹公的盟友袁绍对立，所以在稳固兖州统治的同时应当把下一个目标指向徐州。”曹操听了十分认同，便以程昱为寿张令。
终于有了自己根据地的曹操在一干文臣武将的辅佐下迅速安定了兖州，青州兵也在日夜操练之下战力大大提升，也让曹操有了可以影响天下形势的实力。
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