陕虢观察使姚南仲升任义成军节度使，征辟马总为从事，义成监军薛盈珍恃宠夺权，多次诬陷谗毁姚南仲，最终使其罢职入朝，作为幕僚的马总自然受到了牵连，也被贬为泉州别驾。薛盈珍随后在朝中执掌枢密事务，马总的上司、福建观察使柳冕为迎合薛盈珍，企图杀害马总，刺史穆赞在审讯后认为他无罪，马总这才免去一死。后来，他被酌情移任为恩王傅。
出任安南都护、本管经略使兼御史中丞。马总崇尚儒学，擅长治政，在南海任职多年，清廉刚正，深得当地少数民族的拥戴。马总在东汉伏波将军马援所立铜柱之处，以一千五百斤铜又特铸了两个柱子，刻书称颂唐朝的恩德，以追袭马援的功绩。因为安抚少数民族之功，在任上被加授金紫，被转为桂管经略观察使、桂州刺史，又入朝为刑部侍郎。
宰相裴度出任淮西宣慰招讨处置使等职，主持讨伐淮西叛藩吴元济，裴度广召僚佐，马总被委任为宣慰副使。唐邓节度使李愬夜袭蔡州，擒获吴元济，裴度得报后，先派马总入城安抚百姓，宪宗受降，斩吴元济。至此，淮西战事告终，裴度在入朝前，留马总任彰义军留后。马总因淮西下属的申、光、蔡等州数十年陷于割据，百姓私斗，不知法律，“犷戾有夷貊风”，故而颁发教令，严明赏罚，使百姓得以归化，淮西风俗为之一变。马总又奏请改彰义军为淮西军，并将吴氏割据时期的痕迹，尽皆抹去。不久后，他被正式被任命为淮西节度使、检校工部尚书、蔡州刺史兼御史大夫。改授为忠武军节度使、许州刺史及陈、许、溵等州观察处置等使，后改任镇国军节度使、华州刺史、潼关防御使等职。
平卢军节度使李师道被诛杀，朝廷将他原管辖的十二州分为三镇。其中，郓、曹、濮三州获赐号天平军，马总出任检校刑部尚书、天平军节度使、郓州刺史及郓、曹、濮等州观察等使。卢龙军节度使刘总奏请献上卢龙军所辖土地，朝廷大喜，授刘总为天平军节度使，而召马总入朝，将要大用之。此时，刘总弃官为僧，暴卒于定州，唐穆宗因马总为政有方，深得天平军军民之心，于是命他回任天平军节度使。
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