九月一日，董卓召集百官议事，向众人提议道：“今皇帝才疏德寡，难为万乘之主。昔霍光废昌邑王之事，著在典籍，为世人称颂。诸位均是社稷之臣，见识不下于霍光，若肯奋首而言，我愿为田延年，立斩不踊跃支持者。”群臣忌惮董卓的威势，却也爱惜自己的名声，于是不约而同地都看向了袁隗、蔡邕两人。袁隗之前已被董卓强行拉入同一阵营，只得率先表态支持废立；而蔡邕自被董卓征辟后，三天之内先后任御史、尚书、侍中，遍历三台，在董卓如此敬重之下他自然也不好站在其对立面。其余人自觉门第不如袁隗，声望又不及蔡邕，见这二人都愿承担废立的恶名，自己也没必要再强出头。只有尚书卢植扯开他的大嗓门抗辩道：“昔日昌邑王被立不过二十七日，却得罪千条，故霍光将其废除。今上自成为储君时起便处事规矩，行未有失，岂是昌邑王可比？尔等欲行赵高之恶却自比霍光之明，真正可笑可耻至极！”董卓听了怒不可遏，当场就命卫兵拿下卢植要将他诛杀，蔡邕竭力劝阻道：“卢尚书海内大儒，学者之望，轻易处死恐失人心，请董公三思。”董卓这才作罢，只罢免了卢植的官职并将他赶出京城。卢植恼怒蔡邕为虎作伥，对他并不存感激，被卫兵押走前还怒视了他一眼，看得蔡邕心生羞愧不敢抬头。
清除了反对之声后，董卓带着百官聚集在崇德殿前，逼迫何太后下诏书立陈留王刘协为帝，废黜刘辩为弘农王，并让皇太后还政。诏书颁布后，刘辩目无神采，双臂下垂，任由太傅袁隗将其身上佩戴的玺绶解下，其间他只是嘴唇下意识地蠕动了两下，却没发出声音。袁隗转而将玺绶进奉给刘协，后者遂即位为帝，改元“永汉”。而拖着衰朽之躯的袁隗再次从新帝这边奔走回废帝身旁，将其扶至殿下，向面北的新帝称臣。看着刘辩跪伏在地的那一刻，何太后泪水潸然，梗咽流涕；群臣也触目伤怀，却无人敢言，恐步卢植后尘。
正当大家以为废立仪式将要结束之时，董卓突然又命尚书宣读早已拟好的策文，弹劾何太后曾数次逼迫董太皇太后，致使她忧郁而死，不符合儿媳妇侍奉婆婆之礼，提议将其迁出长乐宫，改至永安宫居住。刘辩惊惧交加，抬头用哀求的目光看向弟弟刘协，刘协对此也没有准备，只能转过头向着董卓作询问状。董卓拱手回应道：“董太皇太后对陛下有养育之恩，若不为其讨回公道是为不孝。”说完董卓又向前一步，靠近刘协轻声说：“陛下生母之死与何太后脱不了干系，臣正在追查，不日便向陛下回报。”刘协听了后身体一颤，暗暗握紧了拳，不再去理会刘辩了。
两日后，董卓在宣室殿单独面见了刘协，对他说：“臣已查明，陛下的生母王氏在诞下陛下之后，受到何太后的妒忌，被其用毒酒毒杀。此事十常侍也有参与谋划，他们还在事后袒护何太后，力保她地位不失。”刘协听后双手捏住了龙椅，紧抿着嘴，胸膛剧烈起伏，这个状态持续了数息之后，他才逐渐缓和，强忍住泪水说：“以直报怨即可。”“陛下放心，臣知道该怎么做。”董卓回应时嘴角微扬，目光中暗暗射出一丝阴鸷，随后又补充了一句道：“何太后的生母舞阳君和已故的车骑将军何苗一向与宦官过往甚密。”刘协微微摇了摇头说：“朕以为不必牵连过广。”哪知董卓没有理会，自行拱手离去，走了几步，忽然回头说：“欲成大业，少妇人之仁，多丈夫之决！”
离开宣室殿后，董卓就派人暗中在何太后的饮食中下毒杀了她，对外谎称得病暴死。而刘协也没有按太后的礼仪为何氏举办丧礼，只是到洛阳城内的奉常亭象征性地表示了哀悼，同时下旨让公卿大臣们穿白衣上朝三天。天子这种不合礼制的行为让百官心生疑虑，却因董卓也带头支持故无人敢当面质疑。大家都心知肚明虽然表面上太傅袁隗是辅政大臣，但实际上朝廷的决策与任免权都由董卓一人把控。何太后死后，董卓还指使人将何太后的母亲舞阳君杀害，并且将何苗的遗体从坟墓中挖出来肢解后丢弃于园林之中。
不久，天子下诏让董卓由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺、虎贲，封郿侯。进爵后的董卓继续听从贾诩的建议不断拉拢士族，以此巩固自己的权势。他先是联合司徒黄琬和司空杨彪到朝堂上书，要求为两次“党锢之乱”中以陈蕃、窦武为首的诸多党人平反。袁隗代天子准奏，恢复了陈蕃等人的爵位，并提拔他们的子孙为官。董卓拉拢了和自己共同讨伐过凉州叛乱的周慎之子周毖和原大将军府官员何颙、郑泰；又招募了伍琼、荀爽等名士为幕僚；还选拔韩馥、刘岱、孔伷、应劭、张邈等大量名士担任地方太守等要职；并在伍琼与周毖的劝说下，甚至对因与自己不睦而弃官逃走的袁绍、王匡和鲍信三人分别授以渤海太守、河内太守和济北相，以示和解。
不过也并不是所有人都买董卓的帐，被董卓表为后将军的袁术就因不愿依附董卓而逃往南阳，虽然袁隗甘受董卓摆布，但两名袁家最杰出子弟的所为仍令董卓对名门袁氏心生不满；而东郡太守桥瑁甚至伪造三公文书散发到各地州郡府衙，陈述董卓的罪状，呼吁各地起兵反董，恢复刘辩的帝位。桥瑁的所为让董卓意识到，刘辩的存在始终是个威胁，斩草须得除根。
永汉元年十二月，天子下诏废除“光熹、昭宁、永汉”三个年号，复用了汉灵帝的年号称中平六年，次年正月改元“初平”。当月，董卓密令谋士李儒带着毒酒去除掉刘辩。
李儒将毒酒进献给刘辩，说：“服了此药，可以祛除恶疾。”几个月来的种种磨难让刘辩从一个懦弱的少年蜕变得冷静而刚毅，他直视着李儒轻慢无礼的目光厉声说道：“我没病，这不过是想杀我罢了。”李儒听了，有些诧异刘辩的反应，不过还是冷冷地说道：“太尉大人说这药能治病就一定能治病，弘农王若是怕苦，我可以让人帮你。”说完李儒后退了一步，两名甲士上前一左一右把刘辩困在中间。刘辩自知难逃一死，也不再做过多的反抗，只是幽幽地说了句：“容我和王妃饮宴道别后，再服药不迟。”李儒觉得这也没什么不妥，就先退到了一边。
刘辩把王妃唐姬和身边仅剩的几名随从宫人都叫来宴饮，饮了几杯后，刘辩离席而起，悲歌道：“天道易兮我何艰！弃万乘兮退守蕃。逆臣见迫兮命不延，逝将去汝兮适幽玄！”唐姬也闻歌举袖，合拍起舞。歌毕，刘辩温柔地看向唐姬，对她说：“你是王妃，没办法再改嫁给普通人了。今日诀别后，你好好爱惜自己，谨慎地走每一步，或许能一直活下去。”唐姬伏倒在地，泣不成声，一旁的宫人也纷纷落泪。刘辩毅然转身再不看他们，走向李儒拿起酒杯喝下毒酒而死，时年十五岁。可怜一代帝王，却落得：困绝胜四面楚歌，悲壮似霸王别姬。
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